1950年，江西省农事试验总场撤消，更名为江西省农业科学研究所，丁景才任所长。所内行政机构设秘书室、总务科，业务机构设作物组、应用植物组（4个月后并入作物组）、园艺组、农化组、畜牧组、森林组、昆虫组、病理组，血清制造厂。全所有科技干部110人。1953年，撤消森林组，划归省林业厅，成立省林科所。所内原有的业务机构全部由组更名为系，并增设生物药品制造厂、横岗示范农场。1960年，所内行政机构增设人事科，业务机构增设农机系、棉作系、农经系、同位素农业应用系、资料室，昆虫系和植病系合并为植保系，农化系更名为土肥系。全所有职工1606人（含试验农场工人），其中科技人员232人，科技干部中农技师13人、技术员71人、技术助理员72人。1963年经省编委批准，由省农科所农机系和南昌县农业机械化试验站合并成立江西省农业厅农业机械试验鉴定站，地址在莲塘龚家湖，下设农机试验工厂。从20世纪50年代始，政府对农业科学非常重视，省农科所已初具规模。所内有试验场地15834亩（含示范农场），仪器设备693件，图书期刊27200册，房屋建筑面积122713平方米，拖拉机和联合收割机等大型农具23部。1968年，学问大革命时期，江西省农业科学研究所被撤消。除十几名科技人员调往省革委五七农场外，其余科技人员下放农村劳动，工人调往红旗农场、蚕桑场、四新农场、莲塘垦殖场、瑶湖水产场。所有试验田地移交给6011支左部队耕种。房屋部分移交给6011部队，部分移交给江西手扶拖拉机厂。科学仪器、图书资料集中留守。1970年，除保留一套较全的科学仪器外，其余调拨九江、宜春、上饶、抚州、赣州、吉安六个地区。1971年5月13日，在南昌县红旗垦殖场的基础上恢复江西省农业科学研究所，所址在南昌县横岗江西省良种繁殖场内。科技人员陆续返回，科研工作得于重新开始，公唐水任所长。所内设政工组、科研生产组。下设作物系、植物保护系、土壤肥料系、园艺系、畜牧系、农机组、情报资料室及良种示范场。全所有科研人员150余人。1975年4月，省农科所由横岗迁回莲塘伍农岗原址。